1994年，本校創辦人聖嚴法師為提供中華佛學研究所之各種研究成果以及各種獎助或補助的佛學相關著作，給學術界與社會大眾參考使用，精選出版《中華佛學研究所論叢》，希望能達到出版優良學術作品之目的外，更能鼓勵佛教研究風氣，希望由作者、讀者的互動中能培養更多有志於佛教學術研究的人才。同時，也藉由國際各佛學研究機構的出版品相互交流，進而提高國內佛教研究的國際學術地位。
因此，2007年，法鼓佛教學院延續中華佛學研究所26年辦學經驗而成立之後，也延續創辦人聖嚴法師的願望，將各種佛學研究與實踐修行成果、或研討會議論文集與研修論壇等，經過相關審查程序，依照不同性質或版型，分為《法鼓佛教學院論叢》、《法鼓佛教學院譯叢》、《法鼓佛教學院特叢》等類別。
2013年7月，原「財團法人法鼓人文社會學院」與「財團法人法鼓佛教學院」合併存續更名為「法鼓學校財團法人」。2014年8月，教育部通過兩校合併申請，校名為「法鼓文理學院」。原來「法鼓佛教學院」繼續以「法鼓文理學院佛教學系博士、碩士、學士班」的名義招生。原來「法鼓人文社會學院」則以「法鼓文理學院人文社會學群」的名義招生，將於2015年春季開始招收「生命教育」、「社區社群再造」、「社會企業與創新」、「環境與發展」等四個碩士學位學程學生。因此，原來的各類叢書，也更名為《法鼓文理學院論叢》、《法鼓文理學院譯叢》、《法鼓文理學院特叢》，可以更多元的發展學術出版成果。
為因應Web 2.0時代，繼續結合網際網路與資訊數位化出版趨勢，於2018年，我們新開闢《法鼓文理學院e叢》，希望讓成果能更快分享與互動，讓資訊內容可因使用者的參與而隨時產生，發展為更具互動性與分享性之開放性學術研究環境，進而產生更豐富的數位人文資源，則是我們應該持續努力的目標。